In 1415 werd Jan Hus, wiens godsdienstige hervormingen tot religieuze en sociale spanningen leidden, op het Conilie van Konstanz door de katholieke kerk als ketter tot de brandstapel veroordeeld. Na de Praagse Defenstratie (1419, waarbij de radicale godsdiensthervormers bij de bevrijding van gevangengenomen geloofsgenoten twee raadsheren uit het raam gooiden) brak de extreem bloedige hussietenoorlogen uit. In 1437 kwamen respectievelijk Jiriz (Joris) Podebrady en enkele Poolse koningen op de troon. In 1526 viel Bohemen in Habsburgse handen. De renaissance en de contrareformatie kwamen op en onder Rudolf II beleefde Praag als residentie een ‘gouden tijd’.
Koninklijke hoofdstad
In 1618 vond de tweede Praagse Defenestratie plaats, waarbij enkele protestantse leiders drie keizerlijke afgevaardigden uit het raam gooiden: het begin van de Dertigjarige Oorlog. Twee jaar later heroverden de Habsburgers de troon. In 1648 werden Mala Strana en de burcht door Zweedse troepen bezet. Het einde van de oorlog luidde coor de stad Praag de economische en politieke neergang in. De zegevierende Habsburggetrouwe adel en de katholieke kerk manifesteerden zich in de Praagse barok. Vanaf halverwege de 18e eeuw werd het politieke klimaat milder door de hervormingen van Maria Theresia en Jozef II. In 1784 kreeg de stad Praag zijn huidige vorm. De vier afzonderlijke Praagse steden; Staré Město (Oude Stad), Nové Město (Nieuwe Stad), Malá Strana (Kleine Zijde) en Hradčany werden door Jozef II samengesmolten tot de koninklijke hoofdstad.